尖锐湿疣复发的症状开始为细小的淡红色丘疹，以后逐渐增大，数目增多，表面隆起，多数质地脆而硬，高低不平的疣状增生，临床上依其形态分为蕈状、鸡冠状、菜花状、乳头状。
湿疣体表面显红色或污灰色或正常皮色，局部湿润，部分病人感到阴部瘙痒，性交时疼痛或出血，由于自觉或不自觉的搔抓，可使疣体破损，形成糜烂，出现渗液而继发感染。
尖锐湿疣病程经过缓慢，通常无全身尖锐湿疣复发的症状。由于本病潜伏期较长，很难判定感染属于哪一次不洁性行为所致。尖锐湿疣男性主要见于阴茎体和冠状沟、龟头、包皮系带、尿道口、尿道内、肛门直肠等处。
女性常侵犯大阴唇、小阴唇系带、阴道口、阴道、尿道口颈等处。少数病人可出现阴茎肛门以外的尖锐湿疣，如足趾缝间、口腔粘膜、舌系带、脐窝、腋下、乳房等处。这些病人系接触传染，不属性病范畴。
由于尖锐湿疣的病毒可以自身接种，故在女阴或肛周类锐湿疣往往出现两侧接触面都有，这些部位的尖锐湿疣常因粪便、白带等刺激，往往发展为巨大尖锐湿疣。这种疣外表有时似癌肿，不但长得大和快，甚至可连至尿道形成瘘管，很痛苦。
亚临床感染男性亚临床感染多发生于阴茎，为体积较小的无蒂疣，直径大小1-3毫米。另一种常见于阴茎、肛周，肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到病变。女性宫颈的人类乳头瘤病毒亚临床感染要借助阴道镜检查才能发现。
临床治疗时，医生只能清除肉眼能看见的那部分疣组织，对于肉眼看不见的病变是无法清除的。经过一段时间， < /> 肉眼看不见的病变就发展为肉眼能见的疣组织。
上皮病变尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，人体皮肤粘膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔
真皮内免疫系统不能与表皮内HPV病毒颗粒接触而建立起**的免疫应答反应，因而使不少尖锐湿疣久治不恢复，这种情况同样见于青年人面部的扁平疣及手上的寻常疣。