西医治疗的基本原则是消炎杀菌。一般是内外并治。对于急性浅表性包皮龟头炎和环状溃烂性包皮龟头炎的治疗红霉素和四环素，一般每服0.5g，每日4次。滴虫性包皮龟头炎的治疗灭滴灵，每服0.2g，每日3次，连用10天。对于白色念珠菌引起的包皮龟头炎的治疗常用曲古霉素或伊曲康唑治疗。曲古霉素10～20万单位，每日2次，伊曲康唑每服100mg，每日2次，连服7天。
中医治疗本病常把其分为三型，即毒火郁结型、湿热生虫型和肝肾阴亏型三种。据不同的临床表现予以不同的治疗。
1毒火郁结型
可见包皮和龟头红肿，有红斑、丘疹、水疱或溃烂，自觉疼痛，排尿不畅，伴有口舌生疮，急躁易怒。这是由于毒火郁结，不得宣泄所致。治疗宜清热、泻火、解毒。常用方剂为导赤丹加减：黄连10g黄芩10g山栀子10g木通10g生地10g淡竹叶10g泽泻10g大黄6g生甘草10g水煎服，每日1剂。
2湿热生虫型
可见龟头部潮红，起水疱或糜烂，阴茎疼痛实验室检查可见白色念珠菌或滴虫感染多伴有阴部潮湿，阴部瘙痒，口苦，口粘，小便黄赤。这是由于湿热之邪下注肝经，生虫所致。治疗宜清热除湿，杀虫止痒。常用方药为龙胆泻肝汤加减：龙胆草10g，柴胡10g，黄芩10g，山栀子10g，车前子10g，泽泻10g，木通10g，土茯苓30g，百部10g，贯众10g，鹤虱10g。
3肝肾阴亏型
可见包皮和龟头有斑片或有肥厚，或硬化，一般没有瘙痒和疼痛，可伴有腰酸、早泄等症状。这是由于湿热或湿毒伤及肝肾之阴所致。治疗宜滋补肝肾为主。常用方药为六味地黄汤加减：生熟地各10g，山萸肉10g，山药10g，枸杞子10g，丹皮10g，茯苓20g，丹参10g，泽泻10g，蒲公英30g。