对于输尿管结石，主要有三种治疗方法，即减轻症状，如减轻肾绞痛、解除梗阻、保护肾功能等。
输尿管结石患者需要大量饮水，每天饮用2500-3000ml的水，进行运动。也可使用排石药物，如中药、西药、松弛输尿管肌肉的药物。
若以上方法不能奏效，则可采用体外和体外冲击波碎石。多数结石可与体外排石相结合。以往，体外冲击波对于输尿管下段和末端结石的治疗一直存在争议，因为骨盆可阻止冲击波的应用，但是目前的俯卧位对于输尿管下段结石都是一个好的碎石方法。但是对于体外冲击波碎石，要注意的是体外冲击波碎石可以反复使用，通常每隔7-10天，应用3-5次以上。如不能排出结石，则应采取外科取石的方式进行处理。
若以上排石、体外冲击波碎石未成功或结石较大，可考虑手术取石。
输尿管镜碎石术是治疗输尿管结石的主要方法，结合经皮肾镜取上段输尿管结石，对于大部分结石可以在腔内获得满意的**，如果内镜疗不佳，可以采用腹腔镜及开放手术。
手术方式主要包括输尿管镜碎石、经皮肾镜碎石、腹腔镜及开腹手术等。大部分结石均可通过体外冲击波碎石获得满意的**，且并发症及副作用少。如果体外碎石失败，则可行手术。
输尿管镜术是一种非常好的治疗方法。因为上段位置高，造成了一定的困难。使用软性输尿管可以解决这些问题经皮肾镜主要是用来连接上输尿管或肾盂输尿管的结石。
经皮肾镜通过腰部的通道进入肾盂。输尿管镜及其他器械均可进行碎石取出，可取得良好的**腹腔镜及开腹手术常用于治疗失败或输尿管狭窄的病人。近年来腹腔镜及开腹手术应用逐渐减少，输尿镜和经皮肾镜是常规治疗。总而言之，治疗输尿管结石需要综合治疗。