据结石的成分、结石的大小等因素进行治疗。如果出现直径0.6cm~2cm的结石，要考虑体外冲击波碎石，超过2cm或体外冲击波碎石失败的肾结石需要进行手术治疗，需要进行微创手术及开刀手术。
直径小于0.6cm的肾结石、膀胱结石和梗阻时间不长的输尿管结石、结石远端无尿路梗阻的结石，可以通过保守治疗排出，保守治疗包括大量饮水、适当运动、药物辅助，西药中药都有，西药有扩张输尿管平滑肌的钙拮抗剂、α受体阻滞剂，还有针对特殊成分结石的碳酸氢钠、枸橼酸钾颗粒等，还有一些止痛药物。
临床上常用的中药方剂有利尿通、五淋化石丸等，主要成分有利尿通、五淋化石丸等，排石**还取决于结石的大小、成分、部位、结石滞留时间等。
如果发现肾结石，先咨询专科医生，选择合适的治疗方案，切忌盲目排石，同时排石药物不要超过4周，不要超过2周，在服一个月后排石药仍未排出，要选择体外冲击波碎石、输尿管镜等等，以免损害肾功能排石药物中的有些成分对肾脏有损害!
如果存在肾结石，建议去体检，看看是否有高尿酸血症、胱氨酸结石病、泌尿系统畸形等结石的原因。结石的成分分析是据结石的成分而定，并据结石成分采取相应的防治措施。
肾脏结石不只是肾内部长有结石，而是一种全身性疾病——结石病。